剧情介绍：第一次新吉恩战争（哈曼反乱）结束后，宇宙世纪0089下半年间，联邦对太空殖民地加强了经济等方面的制裁，但此类措施的实行，亦只会引起宇宙移民对立情绪急剧上涨、各路反联邦势力纷纷崛起而已。
宇宙世纪0090年2月，联邦为收容难民建起殖民卫星——“甘泉”；
但此时在无人知晓的情况下，于哈曼死后重掌新吉恩指挥权一度销声匿迹的夏亚‧阿兹纳布已秘密潜入并藏身其中。
3月，联邦军为维持军事上的威慑力，建立外围独立精锐部队郎德‧贝尔，由实战经验老道的布莱德‧诺亚上校担任指挥官，队中更有以“一年战争”时期著名的王牌MS驾驶员阿姆罗‧雷上尉为核心的众多精英作为成员。
宇宙世纪0092年12月，夏亚‧阿兹纳布在接受电视采访时发表了向地球联邦政府的宣战布告，第二次新吉恩战争（亦称阿克西斯战争或夏亚之乱）由此正式爆发。
然而，正当阿姆罗‧雷等人与新吉恩军进行着殊死战斗时，一些联邦上层人物却盲目相信和平的可能性，加上收受贿赂，而准备前往SIDE6，与新吉恩方面进行秘密接触。
天真活泼的少女珂丝‧帕拉雅，出身于联邦高官家族，生活条件优越但却并不幸福，从小得不到足够的父爱，与继母关系更是恶劣至极，因此造就了她叛逆的性格。
0093年3月4日珂丝随父亲从地球前往太空，在飞船上结识了布莱德之子哈萨维‧诺亚，当一行人到达SIDE6时，正遇上阿姆罗与其女友珍一起从月面取回最新的阿姆罗专用MS——RX-93 ν高达。
ν高达由阿姆罗主导设计，结合新吉恩故意泄漏的Psycho Frame（精神感应骨架）技术，能够最大限度发挥出他的NewType能力，加上装备了最新的NT脑波诱导浮游炮，终于拥有与夏亚的最新座机MSN-04沙扎比相抗衡的实力。
当阿姆罗正为得到新机体而欣喜，珂丝与哈萨维亦为学习驾驶MS成绩出色而兴高采烈时，他们并不知道，夏亚正在同一个卫星上与联邦上层进行着秘密会谈。
很不幸，正所谓冤家路窄，6日在休息时段外出骑马散步的夏亚，与带着珂丝与哈萨维驾车兜风的阿姆罗撞个正着。
两人大打出手，阿姆罗甚至拔枪欲向夏亚射击，然而谁也没想到就在此时珂丝竟突然夺去阿姆罗的枪械，并与夏亚一起由新吉恩军的强化人邱尼驾机接走。
性格叛逆的珂丝竟会接受夏亚的思想而投向吉恩，这一事实令哈萨维大受打击，他暗下决心，要说服珂丝离开敌人的阵营。
与此同时，联邦与新吉恩的会谈达成了协议：新吉恩将于3月12日解除武装，向联邦投降。联邦官员们为此洋洋得意，他们做梦也没有想到，这只不过是夏亚进攻地球计划中的一环。
经历多年动荡生涯的夏亚，对地球联邦政府已彻底不报希望。
因此，这次复出的目的，便是将无视众多宇宙移民生命和权益的地球联邦政府，以及全部地球居民彻底消灭！
而且，其手段之激烈程度，在人类史上也是空前的，在他的计划中，攻击的方式不再是像以往那样落下殖民卫星，而要把小行星阿克西斯推向地球，从而引起巨大的气候异变，使另一个冰河期降临在地球上，基本灭绝地面的住民，以此达到净化人类的目的。
0093年3月12日，夏亚以降伏的姿态令联邦军放松警戒，乘机突然袭击夺回了阿克西斯。
随后，开始将阿克西斯推向地球。幸而，以布莱德、阿姆罗为首的朗德‧贝尔早有准备，舰队旗舰拉‧凯拉姆号上的精锐纷纷出动，与新吉恩军展开了一场恶战。
偷偷驾驶MS出击的哈萨维，在战场上来到了驾着大型MA——α‧瓦索隆的珂丝身旁，欲劝说她回心转意，然而珂丝完全不为所动。
正在这时，驾机与珂丝作战的珍，用飞弹直接击中了珂丝所乘MA的座舱，因震惊、伤心、愤怒而失去理性的哈萨维，转身向珍的座机连续开火，令珍葬身于他的枪口之下……
此时的朗德‧贝尔舰队，在布莱德的指挥下成功潜入阿克西斯，试图将其爆破碎片化，然而爆破使阿克西斯分为两个大型部分——被炸成两半的阿克西斯，前一半脱离了地球轨道，而后半部分由于爆炸减速，则继续向地球坠落下去。
另一方面，在阿克西斯坠向地球时，阿姆罗与夏亚这对宿敌间的决斗业已分出了胜负，夏亚的座机沙扎比虽然已被阿姆罗击破并捕获了脱出舱，但他仍然发出了得意的狂笑：“你赢不了我的，阿姆罗！阿克西斯的坠落早已无法阻止了！”
值此千钧一发之际，阿姆罗奋不顾身地驾驶着ν高达来到阿克西斯最前端，并大声喊着：“只不过是一块石头而已，看我用高达把它推回去！”
欲以强大的喷射引擎动力将小行星推向与地球相反的方向。
看到他的行动，联邦军的战友、甚至新吉恩军的士兵们都纷纷驾MS前来相助，想要挽救这场人类史上的大惨剧。
可是，阿克西斯依然一点点向着地球移动。
在大家都已绝望而放弃努力的时候，惊人的奇迹发生了，夏亚与阿姆罗精神共鸣以及所有善良的人们的精神力，化作了巨大的能量场，像一道光环围绕着地球，地面上所有的人都观赏到了这一奇景，那是比极光更加美丽的人类的心灵之光，而且，在这光的作用下，阿克西斯缓缓脱离了地球的轨道，向着宇宙的深处漂去……
可阿姆罗和夏亚就此失踪……
(依照官网说法是在阿克西斯战役时，夏亚和阿姆罗在“阿克西斯的虹光”中与牛高达同化，实际上就是同归于尽)
之后的宇宙世纪作品，如高达F91以及高达V虽继续沿用宇宙世纪年号，但剧情已经与0079/Z/ZZ/逆袭等四部作完全无关。
又因为，机动战士系列主要两大角色同归于尽；
故绝大部份宇宙世纪爱好者将本作视为宇宙世纪高达正史的终结。
在本作品之后的高达0083,08MS小队,高达独角兽等视为补全原作之故事。
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